Trojan Remover fue escrito para ayudar en la eliminación de caballos de Troya y gusanos de Internet cuando el software antivirus estándar no ha detectado el problema o es incapaz de eliminarlo eficazmente. La mayoría de los escáneres de virus y troyanos son capaces de detectar caballos de Troya y gusanos de Internet maliciosos, pero no siempre son muy eficientes a la hora de eliminarlos una vez que se han activado.
Trojan Remover fue escrito específicamente para llevar a cabo dicha eliminación sin que el usuario tenga que editar manualmente los archivos del sistema, incluyendo el Registro. El programa también elimina las modificaciones adicionales del sistema que algunos troyanos llevan a cabo y que son ignoradas por otros escáneres de virus y troyanos.