Jmol

Jmol/JSmol es un visualizador molecular de estructuras químicas en 3D que se ejecuta en cuatro modos independientes: una aplicación web en HTML5 que utiliza jQuery, un applet Java, un programa Java independiente (Jmol.jar) y un componente del lado del servidor sin cabeza (JmolData.jar). Jmol puede leer muchos tipos de archivos, incluidos los archivos PDB, CIF, SDF, MOL, PyMOL PSE y Spartan, así como la salida de Gaussian, GAMESS, MOPAC, VASP, CRYSTAL, CASTEP, QuantumEspresso, VMD y muchos otros programas de química cuántica. Los archivos pueden transferirse directamente desde varias bases de datos, como RCSB, EDS, NCI, PubChem y MaterialsProject. Se pueden cargar y comparar múltiples archivos. Un rico lenguaje de scripting y una API web bien desarrollada permiten una fácil personalización de la interfaz de usuario. Entre sus características se encuentran la animación interactiva y el morphing lineal. Jmol se interconecta bien con JSpecView para la espectroscopia, JSME para la conversión 2D->3D, POV-Ray para las imágenes y los programas CAD para la impresión 3D (exportación VRML). Jmol/JSmol es ideal para el desarrollo de cursos basados en la web y bases de datos químicos accesibles a través de la web.